Trung tâm Nghiên cứu Việt Nam và Đông Nam Á  được thành lập theo quyết định số 328/QĐ-TCCB ngày 14/03/1990 của Bộ trưởng Bộ Đại học và Trung học Chuyên nghiệp (nay là Bộ giáo dục và Đào tạo) và được giấy chứng nhận đăng ký hoạt động Khoa học và Công nghệ số 014 do Bộ Khoa học công nghệ và mội trường cấp ngày 15/03/1993. 

Trung tâm Nghiên cứu Việt Nam và Đông Nam Á hoạt động theo Quyết định phê duyệt đề án chuyển đổi tổ chức khoa học công nghệ sang hoạt động theo cơ chế tự trang trải kinh phí theo quy định tại Nghị định 115/2005/NĐ-CP số 403/QĐ-ĐHQG-TCCB ngày 07 tháng 05 năm 2010. Kể từ đó đến nay, Trung tâm NCVN&ĐNA là đơn vị hạch toán độc lập, có tư cách pháp nhân, có con dấu và tài khoản riêng.